La condición de autor polémico acompaña a Haeckel más allá del valor de sus contribuciones a la biología. La vehemencia de sus actitudes personales y sociales, la radicalidad de algunas de las posiciones ideológicas que adoptó –especialmente en cuanto a la religión– y la proyección mediática que logró, lo convierten en un personaje proclive a generar juicios no muy complacientes entre los estudiosos y comentaristas de su vida y obra, tanto en su época, como en los tiempos más recientes. Incluso hay autores que no dudan en situarlo como responsable moral de las atrocidades del nazismo, al defender una teoría racista, con base evolutiva, para explicar la diversidad humana, que supuestamente fue incorporada por el inicuo régimen.
Hay que decir que el acercamiento científico a las razas humanas que dominaba en el siglo XIX está muy lejos de lo que es el consenso en el presente. Charles Darwin, un abolicionista radicalmente contrario a la esclavitud, defendía sin embargo una concepción jerárquica de las etnias desde el punto de vista biológico. Él siempre se manifestó muy renuente a las proyecciones sociales, culturales y éticas de su visión evolucionista del hecho de la vida; más llanamente, invocaba continuamente que la suya era una teoría biológica, y ya está. Por el contrario, Haeckel fue más proclive a hacer esas proyecciones desde la ciencia de la vida hacia las ciencias sociales. En ningún caso, sin embargo, podemos considerarlo un precursor del racismo político alentado por Hitler y sus seguidores. Como muy bien ha demostrado uno de sus mejores biógrafos, Robert Richards, Haeckel declaró públicamente su admiración por la contribución judía a la cultura germánica. Solo con eso, parece bastante difícil presentarlo como avanzado, en un linaje de responsabilidad, de las atrocidades nacionalsocialistas. Otro de los grandes especialistas en la figura del naturalista de Jena, Mario Di Gregorio, que en todo caso ofrece un acercamiento al personaje bastante diferente, afirma sin tapujos que considerar a Haeckel un protonazi no tiene ningún fundamento histórico, y que no es sino uno de los muchos ejemplos de la búsqueda de un chivo expiatorio de los horrores del fascismo, como se ha hecho con Wagner, Nietzsche o Hegel.
Que los nazis leyeron a Haeckel y aplicaron algunas de sus teorías al espantoso programa político que concibieron es innegable. Sin embargo, los usos que se hacen de las ideas de cualquier autor no están unívocamente vinculados al legado que este ha dejado. La historia intelectual está repleta de ejemplos de cómo una misma teoría es aplicada de manera diferente, con consecuencias muy contrastadas, según qué estirpe de seguidores la adopte. Mal haríamos nuestro trabajo si juzgamos a Haeckel desde una perspectiva que, además de retrospectiva y finalista, se contenta, a la hora de explicar el nazismo, solo con un factor de los muchos que actuaron. Es importante, sin embargo, que reflexionemos sobre la función que atribuimos a las biografías de los científicos, porque quizás erramos también gravemente, y por razones parecidas, cuando la proyección hacia el pasado la hacemos desde la perspectiva de buscar la justificación de lo que actualmente pensamos; o, peor todavía, cuando les otorgamos la evaluación moral positiva que rezuma de las llamadas «vidas ejemplares».
