Si la Biblioteca y el Museo de Alejandría fueron instituciones importantes para el cultivo de las ciencias en la Antigüedad, Gundeshapur fue el mayor centro intelectual medieval. Se encontraba en la actual provincia de Juzestán, en el suroeste de Irán. Dice la tradición que Sapor I, hijo de Artajerjes, fundó la ciudad, después de derrotar al ejército romano, como una guarnición para los prisioneros de guerra romanos. Con el paso del tiempo Gundeshapur se convirtió en un cruce de culturas. Sapor I se casó con la hija del emperador romano Aureliano, e hizo de Gundeshapur la capital de Persia, donde fundó un hospital y llevó a médicos griegos para practicar y enseñar la medicina hipocrática. La ciudad contaba también con una gran biblioteca y un centro de enseñanza de las artes y las ciencias.
Cuando, en 489, el centro teológico y científico nestoriano de Edesa fue clausurado por el emperador bizantino, los científicos, filósofos y médicos se trasladaron a Gundeshapur, donde disfrutaron de libertad para recrear las mismas instituciones laicas. Por otro lado, muchos científicos, naturalistas y filósofos desterrados de Atenas por Justiniano (529), se trasladaron a Gundeshapur, donde continuaron trabajando en medicina, astronomía y matemáticas. Fue en el siglo VI, bajo el dominio del monarca sasánida Cosroes I, cuando Gundeshapur adquirió el máximo prestigio como centro cultural, científico y artístico. Cosroes I dio refugio a filósofos griegos y médicos y científicos asirios nestorianos, que huían de la persecución religiosa en el Imperio bizantino. Los asirios eran la mayoría de los médicos de Urfa, principal centro médico de la época. La enseñanza de las ciencias y la medicina se hacía en siriaco hasta que la ciudad cayó en manos de los árabes musulmanes, pero mucho antes el rey había encargado a los refugiados la traducción al persa de textos griegos y siriacos de medicina, astronomía, astrología, filosofía y artes útiles.
«Bajo el dominio del monarca sasánida Cosroes I, Gundeshapur adquirió el máximo prestigio como centro cultural, científico y artístico»
Convencido de la importancia de la ciencia y la filosofía, Cosroes I también miró hacia Oriente y envió al médico Bozorgmehr a la India y China, donde reclutó a científicos indios y chinos para llevarlos a Gundeshapur. Allí tenían que enseñar y traducir textos indios sobre filosofía natural, astrología, matemáticas y medicina, y obras chinas de botánica y filosofía natural. Se cree que Borzuya hizo la traducción al persa del texto indio Panchatantra, colección antigua de fábulas hindúes sobre la naturaleza escritas en sánscrito.
La dinastía sasánida fue derrotada por los ejércitos musulmanes en 638. La Academia de Gundeshapur pervivió dos siglos, transformada en un centro islámico para el cultivo y aprendizaje de las ciencias, las artes y la medicina. Gracias al gran peso cultural y político que tenía, Gundeshapur fue escogida capital por Ya’qub bin Laith as-Saffar, fundador de la dinastía saffárida, y en 832, el califa Al-Mamun fundó Bayt al-Hikmah, la Casa de la Sabiduría, siguiendo el modelo de la antigua Academia de Gundeshapur. Pero se cree que la Casa de la Sabiduría fue cerrada por Al-Mutawakkil, el sucesor de Al-Mamun, quién vio que la libertad laica de aquel centro intelectual entraba en conflicto con la ortodoxia del Corán. Además, el centro intelectual y político del califato abásida se trasladó a Bagdad.
Entre el siglo V y el siglo IX, Gundeshapur fue el núcleo más importante de cultivo de las ciencias, las artes y la medicina y un lugar de circulación de conocimientos de las tradiciones occidentales y orientales. Fue un centro de traducción de obras clásicas y de asimilación de tradiciones médicas del helenismo, India y China. Pero también fue la fuente principal de donde bebieron los médicos y científicos del Islam, la gran potencia religiosa, militar y científica medieval. Los últimos documentos que se conocen del hospital de Gundeshapur datan de finales del siglo IX; ahora solo quedan las ruinas.
